인형의 태엽을 감지 않았던 패러렐 월드의 소년 사쿠라다 쥰.
등교거부를 극복하고 중학교를 졸업한 뒤 검정고시를 통해 대학에 입학하지만
무엇 하나 잘 풀리지 않는 힘든 생활을 보내고 있었는데
어느 날 우연히 인형관련 잡지를 접하게 된 그는 잡지의 부록으로 들어있던 파츠를 조립해
로젠메이든 신쿠를 완성 해 그런 그에게 태엽을 감았던 세계의 자신으로부터 도와달라는
수수께끼의 메시지가 도착하는데.